Jednym z głównych celów utworzenia obszaru jest czynna ochrona ekosystemów, realizowana w ramach racjonalnej gospodarki leśnej, zmierzająca do zachowania różnorodności biologicznej siedlisk przyrodniczych.
W zarządzie Nadleśnictwa Tuszyma ustanowiono 29 użytków ekologicznych chroniących przede wszystkim ekosystemy wodne z grzebieniami białymi , miejsca bytowania bobrów, zbiorowiska olsowe, wyrobiska potorfowe o łącznej powierzchni 23,36 ha.
W Nadleśnictwie Tuszyma objęto ochroną gatunkową ścisłą i częściową 2 gatunki grzybów, 52 gatunków roślin, 23 gatunki bezkręgowców, 11 gatunków płazów, 6 gatunków gadów, 123 gatunki ptaków, 26 gatunków ssaków.